Аналитика
Непознати соеви на вирусот што предизвикува КОВИД-19 се пронајдени во канализацијата во Њујорк, што предизвикува нова загриженост дека новиот коронавирус наоѓа начини да избега од имунитетот.
Се чини дека овие соеви не се подготвени да избијат и да предизвикаат нов бран во овој момент. Нивното присуство се зголемува и опаѓа заедно со стапките на случаи во Њујорк, и нема знаци дека овие верзии на вирусот стануваат сѐ почести со текот на времето. Но, мутациите што се гледаат во мистериозните соеви кои се откриени се слични на оние кои овозможија варијантата на омикрон делумно да избега од имунитетот од вакцинација и претходна инфекција, рече Џон Денехи, виролог од Центарот за постдипломски студии на Сити Универзитетот во Њујорк, кој го предводеше истражувањето за сајтот Livescience.com.
„Фактот дека варијантата омикрон дојде од некаде непознато и дека неколку од неговите мутации се слични со непознатата варијанта што ја гледаме во Њујорк, навистина предизвикува сериозна загриженост дека што и да гледаме може да ја пронајде вистинската комбинација на мутации што би го направиле високо пренослив“, изјави Денехи за Live Science.
Истражувачите не знаат од каде доаѓаат новите вирусни соеви. Овие соеви се наоѓаат само во ограничени области на градот и се чини дека не се шират од маало до маало. Тие може да потекнуваат од хронично заразени луѓе или можеби од животнски резервоар – но кое животно? Засега нема цврсти докази за која било опција.
„Ништо нема совршена смисла“, рече Марк Џонсон, виролог на Медицинскиот факултет на Универзитетот во Мисури.
Непознатите непознати
Многу градови ги мониторираат отпадните води за да се обидат да ја следат количината на САРС-КоВ-2 што циркулира во заедницата. Бидејќи во фекалниот материјал луѓето испуштаат вирусни компоненти дури и пред да се чувствуваат болни или да се тестираат, процентуалното присуство на вирусот о отпадната вода за околу три недели му претходи на порастот во случаите што се појавуваат од тестирањето, рече Џонсон.
Но, релативно малку лаборатории работат на генетско секвенционирање на вирусниот материјал пронајден во отпадните води. Денехи започна да работи на генетско секвенционирање во Њујорк, откако алфа варијантата јасно стави до знаење дека мутациите на коронавирус ќе бидат сила со која треба да се смета. Откако Денехи и неговите колеги Моника Трухило, исто така во CUNY, и Давида Смит, сега во Texas A&M San Antonio, гостуваа на популарниот подкаст Оваа недела во Вирологија во април 2021 година, Џонсон стапи со нив во контакт. Тој правеше слично секвенционирање во Мисури и губеше сон навечер поради секвенци на вирусна РНК што не се совпаѓаше со ништо во глобалните бази на податоци за варијанти на коронавирус.
„Полудував“, изјави Џонсон за Live Science.
Варијантите на Мисури исчезнаа кон крајот на април 2021 година, за никогаш повеќе да не се видат. Но, истражувачите почнаа да соработуваат на потемелно секвенционирање на вирусна РНК пронајдена во Њујорк, прашувајќи се дали ќе ги најдат истите секвенци што ги виделе во Мисури. Нив не ги пронајдоа, но открија кластер од сосема нови непознати секвенци.
Истражувачите ги проширија своите напори, тестирајќи ги отпадните води од сите 14 станици за третман на отпадни води во градот два пати месечно, на крајот градејќи рекорд кој се протега од јануари 2021 година до денес.
Имунолошка евазија
Истражувачите користат техника која не им дозволува да секвенционираат цел вирусен геном, но која се фокусира на околу половина од протеинот на шилеста што вирусот го користи за да влезе во клетките. Овој регион содржи клучна област наречена домен за врзување на рецепторите ( RBD). Многу од мутациите што му дозволуваат на омикронот да ги избегне антителата од вакцините или не-омикронските инфекции се наоѓаат на РБД. Истото го прават и мутациите забележани во соеви пронајдени во отпадните води во Њујорк.
Истражувачите проучувале четири од овие мистериозни соеви, наречени WNY1, WNY2, WNY3 и WNY4. Откриле дека сите имале способност делумно или целосно да ги избегнат антителата кои лесно го заглавуваат оригиналниот вирус SAR-CoV-2. Додека крвната плазма од вакцинирани луѓе или луѓе со претходни инфекции може делумно да ги неутрализира сите четири соја, оваа неутрализација беше намалена во споредба со оригиналниот вирус.
Мистериозно потекло
Oд каде доаѓаат овие мистериозни врски? Истражувачите проверувале 5.000 други примероци на отпадна вода од целиот свет и ги пронашле соевите само во седум примероци, сите од државата Њујорк. Какви и да се, тие се домашни.
Постојат неколку хипотези, ниту една од нив не е целосно задоволителна. Првата е дека тие доаѓаат од човечки инфекции без примероци. Само помеѓу 2,6% и 12,9% од случаите во Њујорк се секвенционираат во кое било дадено време, така што е сосема можно ретките варијанти на вирусот да се прикрадат под радарот. Можеби соевите се верзии на вирусот кои ги инфицираат цревата и не се наоѓаат често во носот или грлото, каде што одат брисевите со PCR.
Но, има проблеми со овие можности. Неколку студии го споредиле вирусот од цревата со вирусот од носот и грлото, и досега никој не видел разлика помеѓу двете, изјави Трухијо од CUNY за Live Science. Исто така, географскиот опсег на вирусните соеви е ограничен – тие се наоѓаат во сливните области на само три од 14-те станици за третман на отпадни води во градот. Ако изворот на вирусот се луѓето, тоа се луѓе кои не се движат многу наоколу.
„Размислувавме за луѓе кои би можеле да бидат врзани за кревет“, изјави Смит за Live Science. „Значи, долгорочни пациенти во установа кои можеби не се мобилни“.
Но, и тоа би било чудно. „Би било чудно да се рашири во локалното население и да не оди на друго место“, рече Џонсон.
Друга можност е дека носителот на овие криптични соеви не е човек. Стаорците во Њујорк би биле привлечна цел за обвинување. Ги има многу, живеат во канализација, а не патуваат далеку. Но, истражувачите не можеа да најдат доказ што ги поврзува стаорците со варијантата.
Во меѓувреме, популацијата на мачки скитници веројатно не е доволно голема за да ја одржи количината на пренос што истражувачите ја заклучиле од отпадните води, а мачките миленичиња не комуницираат често ниту со другите миленичиња мачки, рече Џонсон. Познато е дека кучињата добиваат СОВИД-19, но овие мутации досега не биле забележани кај случаи на кучешки вируси. И би било многу чудно ако верзијата на СОВИД-19 циркулира кај кучињата, но не и кај луѓето, рече Смит, со оглед на тоа колку њујорчани се блиски со нивните миленичиња. Одговорот на мистеријата може да лежи во редовна секвенца на повеќе вирусни геноми од повеќе животни на редовна основа.
И варијантата омикрон се појави од никаде: таа еволуираше од поранешен сој од варијантата делта која во тоа време беше доминантна. Неговото потекло е мистерија. За Денехи, Џонсон и нивните колеги, потеклото на следната варијанта исто така ќе остане мистерија, освен ако не се вложат посилни напори за да се разбере од каде доаѓаат варијантите.
